在确定需要建设LIMS之后，首先需要面对的就是LIMS平台的选型问题。实事求是，实验室应根据自身的需求特点，包括工作领域、组织架构、质量目标、体系运行、业务流程、设备配置、人员组成、工作类型和工作量变化等因素，先确定是自建系统还是购买现成的商业化软件产品，认真慎重地比较两种选择的优劣和风险性，组织各科室骨干技术人员对此作出客观评价。如果最终决定是购买商业化软件产品，则需要考虑的因素有：
（1）通过监测领域同行之间的成功个案经验，了解软件商在该项目上的执行情况，明确其整体开发实力和项目实施经验，了解软件商的行业背景和市场业务发展状况、从业经验、技术力量和资源状况。
（2）详细了解软件产品的适用性，包括：软件设计架构（C/S或B/S或两者混合型）、所用开发工具及其源代码的生命力，重点在底层数据库、管理界面架构模式的选择，数据库应选择技术成熟、软件扩展生命力强的，以缩短开发及维护周期，提高数据安全性，对运行成本的合理可控；与在用软硬件（现行监测管理应用软件、采样和分析仪器等的接口能力）以及支撑数据库的集成能力、系统运行的稳定性、各功能模块的可扩展性及安全性等。
（3）运行环境与硬件需求：实验室系统运行的硬件在采购上应重点考虑其稳定性和安全性，应配置双机热备份系统，提高关键数据交换的容错性能，配备稳压防雷的后备电源，提高系统对突发故障的恢复能力，若具备条件的可以考虑建立系统异地防灾备份机制。做好网络机房的配套设施，制定严格的机房管理制度，确保机房的温湿度、防尘、防静电、空气流通条件应符合相关技术标准要求。
（4）比较该软件产品在同类型产品上的价格合理性和售后服务水平。
