如前所述，LIMS是提升实验室质量管理水平的重要手段，但LIMS本身又需要在一个良好的管理机制下才能发挥其应有的作用，这就意味着LIMS的实施必定要对实验室原有的管理模式、工作流程乃至思维方式等各方面带来不少的冲击，在项目实施初期对现行工作造成一定的影响。这主要有：分析人员对工作任务分工的安排上的变化及其相应的心理上的变化；LIMS对任务安排过程控制的的严密性设计，会影响业务环节变更或调配变化上的复杂程度，在未适应系统运行习惯的时期，容易造成时间的拖延；整个实验分析流程的时效性显得更为重要，对各环节的分析人员在操作效率要求上有一定的提高，因系统对相应工作人员的操作有详细的记录；在整个测试、调试、运行各阶段的过程中，应该保证有专门的、有一定计算机技术基础的人员担当管理员的角色参与实施，除了掌握LIMS的关键维护技能外，还需要对各个流程上的用户需求进行管理和维护，这部分职能是实验室培养专业管理人员和保证系统正常运行所不可或缺的。
综上所述，LIMS的建设是一项涉及面广、影响范围大、既花费精力又花金钱的系统工程，任何一个LIMS产品都必须根据不同用户需求进行定制开发，这个过程需要LIMS软件商和用户双方共同来构想、设计、协调、决策和落实。虽然，目前LIMS的建设在环境监测实验室中的推进仍然是困难重重，但鉴于它广阔的应用前景，LIMS必将成为促使中国环境实验室管理水平提升、与市场竞争机制接轨、与国际惯例接轨、与科学化管理体系接轨的重要手段和工具。
