对于实验室来说，LIMS是一项实践性很强的工作，LIMS的理论可以通过学习来掌握，LIMS的能力只有通过实践才能形成。因此，在真正应用之前，对LIMS有疑问、有顾虑是正常的，将困难想得充分一些也是可以理解的。应用LIMS是一个持续的过程，坚持真正应用，在实践中取得经验并不断提高才会成功。
LIMS系统项目的风险主要包括：
（1）软件的风险。最好在选型时将本行业的一些特殊性需求提出来让软件公司提供解决方案，甚至搭建DEMO系统进行测试，避免软件的一些重要缺陷在实施时才暴露。
（2）实施人员的风险。实施人员特别是项目经理的能力是通过大量项目的经验磨练出来的。对于市场占有率低的公司，实施人员由于项目经验少、接触面窄而能力不足；对于市场占有率高的公司，客户的迅速扩张、新人员的大量招入，也会将一些项目经验不足的实施人员当主力使用。
（3）用户需求的风险。随着项目实施的推进，用户对自身和LIMS系统的认识也会不断加深，不可避免地提出更多、更深的需求，甚至使需求成为一个无底洞，因此，一定要对提出需求的时间和需求的范围、深度进行控制。
（4）用户配合的风险。一是用户方的实施人员将LIMS系统作为一种兼职，很容易受原有工作的影响而拖延进度；二是用户方人员的业务能力、对信息化的理解能力及代表性不足。
（5）维护的风险。LIMS系统上线并不等于成功，这只是漫长历程的开始。很多项目并不重视维护工作，一些本来并不严重的问题，由于解决时间的拖延以及数量的累积使用户无法忍受，导致项目最终失败。
