各行业的LIMS都有各自的设计模式，流程设计上基本都是遵循实验室标准化建设管理的要求，但实际情况是，没有最好的软件系统，只有将其结合到实验室实际工作中，通过与各项业务环节的不断磨合和优化，形成了各自的功能特色，LIMS对提升实验室管理水平的优势才能逐步体现出来。开发商对开拓专业化市场的成熟程度、参与实验室应用开发的深度尤其重要，其业务拓展经验、开发团队的实力都需要认真考察，在开发过程中对各管理流程环节的深入了解，可以大大提高开发的质量和效率，确保质优的售后技术服务支持。
软件商安排的开发技术骨干，必须是富有行业经验、富有团队合作精神和具备较强综合协调能力的，在解决技术问题的同时能够与监测站各个岗位的人员处理好业务的需求问题，将事先定制好的开发计划成功地付诸实施。
保障系统运行的成本考虑。在制定系统开发方案阶段，应向软件商了解清楚建立系统后的周期运行费用，售后服务条款，一些后续的潜在运行费开支也应纳入计划预算，使LIMS在整个运行过程的成本得以计划和控制。
